Plot
In den letzten Tagen des Zweiten Weltkrieges landet der Kamikaze-Pilot Kōichi Shikishima mit einem angeblichen Defekt seiner Maschine auf der Insel Odo. Dort gibt es eine Reparaturbasis für Kamikaze Maschinen. Die Mechaniker können jedoch keinen Defekt feststellen. Der Chefmechaniker und Kommandant Sōsaku Tachibana erkennt, dass Shikishima desertiert ist. Er verzichtet auf weitere Konsequenzen, da er den Krieg für verloren hält. Shikishima beginnt seine Feigheit zu bereuen. Als er am Meeresufer sitzt, erblickt er mehrere tote Tiefseefische, die auf der Wasseroberfläche treiben.
In der Nacht wird Alarm geschlagen. Es stellt sich schnell heraus, dass es kein Angriff der Amerikaner ist. Der grosse Scheinwerfer des Wachturms strahlt eine dinosaurierartige Kreatur an und wird in der Folge von dieser zerstört. Shikishima rettet sich mit den anderen Männern in einen Graben. Er erhält von Tachibana den Befehl, zu seiner Maschine zu gehen und das Ungeheuer, welches laut einem Mechaniker von den Inselbewohnern als Godzilla bezeichnet wird, mit seinem 20 mm-Bordgeschütz zu erledigen. Er schafft es zwar in die Maschine, kann aber aus Angst den Abzug nicht betätigen. Der Saurier verwundet Tachibana und tötet alle anderen Mechaniker. Shikishima kann sich aus dem Flugzeug retten, bevor Godzilla es zerstört. Shikishima verliert das Bewusstsein.
Am nächsten Morgen hat Tachibana seine Männer aufgebahrt. Als er Shikishima erblickt, geht er wutentbrannt auf ihn zu und gibt ihm die Schuld am Tod seiner Truppe. Auf dem Rettungsboot, das beide zurück nach Japan bringt, übergibt Tachibana ihm die Briefe der Mannschaft sowie einen persönlichen Brief. In diesem steht, dass Shikishimas Eltern bei den Luftangriffen auf Tokio ums Leben gekommen sind. In Tokio angekommen sieht er die Zerstörungen und begegnet dabei seiner Nachbarin Sumiko Ōta, die bei den Luftangriffen ihre beiden Kinder verloren hat. Auch sie macht Shikishima Vorwürfe wegen seiner Feigheit als Kamikazepilot.
Auf dem Markt wird die junge Noriko wegen Diebstahls von der Polizei verfolgt. Sie drückt Shikishima ein Bündel in den Arm und flieht. In dem Bündel befindet sich ein Baby, welches Shikishima schliesslich mit sich nimmt. Noriko hat auf ihn gewartet und nimmt das Baby, das Akiko heisst, wieder an sich. Es war ihr von der leiblichen Mutter, die ebenfalls zusammen mit ihrem Mann bei den Luftangriffen getötet wurde, überlassen worden. Noriko bleibt bei Shikishima wohnen, was er aufgrund seines Überlebensschuld-Syndroms zulässt. In den folgenden zwei Jahren leben die drei miteinander. Shikishima hat aufgrund der Vorfälle auf der Insel Odo Albträume und Selbstzweifel. In der Zwischenzeit findet der erste amerikanische Kernwaffentest nach Kriegsende auf dem Bikini-Atoll statt. Godzilla befindet sich in unmittelbarer Nähe und mutiert durch die Strahlung zu mehr Grösse und Stärke. Er zerstört mehrere amerikanische Schiffe und U-Boote.
1947 findet Shikishima endlich einen gut bezahlten Job als Minenräumer. Er arbeitet auf dem kleinen hölzeren Schiff Shinsei Maru unter Kapitän Yōji Akitsu. Die weiteren Mitglieder der Crew sind der ehemalige Waffeningenieur Professor Kenji Noda und der junge Shirō Mizushima, der den Part des Tölpels spielt. Sie sollen mit dem Schwesterschiff die im Krieg gelegten Seeminen aufspüren und zerstören, indem sie die Ankerketten der Minen mit einer Schleppleine durchtrennen. Die Minen tauchen dann auf und sollen mit einem gezielten Beschuss aus einem 14-mm-Geschütz zur Explosion gebracht werden. Shikishimas Erfahrung als Schütze macht sich hierbei bezahlt. Die Räumung läuft erfolgreich. Auch Noriko findet bald eine Arbeit im unzerstörten Geschäftsviertel Ginza in Tokyo.
In der Zwischenzeit hat Godzilla einen direkten Kurs nach Japan eingeschlagen. US-General Douglas MacArthur (im Film mit historischen Aufnahmen) lehnt wegen der Spannungen mit der Sowjetunion eine direkte militärische Hilfe ab. Er überlässt Japan aber einige erbeutete japanische Zerstörer. Der schwere Kreuzer Takao wäre das nächstgelegene grosse Militärschiff, das es aber nicht rechtzeitig zurück nach Japan schaffen wird. Daher sollen zivile Boote, darunter auch die Shinsen Maru, versuchen Godzilla aufzuhalten. Als Bewaffnung sollen die Minen dienen, die man eigentlich zerstören sollte. Godzilla taucht plötzlich auf und versenkt das Schwesterschiff. Dann verfolgt er die Shinsen Maru. Um ihn auszuschalten, lassen Noda und Mizushima eine der Minen zu Wasser. Sie explodiert auf Godzilla, der aber keinen Schaden davon nimmt. Er nimmt die zweite Mine ins Maul, die von Shikishima unter Beschuss genommen und zur Explosion gebracht wird. Dadurch wird Godzilla schwer im Gesicht verwundet. Doch die Verletzung heilt in Sekunden wieder aus. Das Schicksal der Shinsen Maru scheint besiegelt zu sein, doch es taucht die Takao auf und nimmt Godzilla unter Beschuss. Der Kreuzer kann zwar mehrere Treffer aus seinen Geschützen landen, aber nichts ausrichten. Godzilla taucht unter, richtet seinen Hitzestrahl auf den Kreuzer und zerstört ihn. Durch die Druckwelle erleidet Shikishima auf der Shinsen Maru eine Kopfverletzung und wird ohnmächtig. Er wird ins Krankenhaus eingeliefert und ist zunehmend frustriert, nichts gegen Godzilla ausrichten zu können. Daheim bricht er emotional zusammen und erzählt Noriko von den Vorfällen auf der Insel Odo und dem letzten Zusammentreffen mit Goszilla.
Wenige Tage später erreicht Godzilla Tokio. Er zerstört alles, was ihm im Wege steht. Die Menschen fliehen in Panik. Godzilla ist auf dem Weg zur Ginza, wo auch Noriko in einem Zug unterwegs ist. Er beisst in den Zug, in dem Noriko sitzt. Sie kann sich gerade noch mit einem Sprung in den Kanda (Fluss durch die Ginza) retten. Traumatisiert läuft sie durch die Strassen, als sie Shikishima begegnet. In dem Moment beschiessen einige Panzer den Riesensaurier, der mit seinem Hitzestrahl antwortet. Dieser trifft mit der Wucht einer Atombombe und löst eine Druckwelle aus, die weitere Teile Tokios zerstört. Noriko schubst Shikishima in eine Seitengasse und kann ihn so retten. Sie selbst wird mit voller Wucht von der Druckwelle erfasst und fortgerissen. Shikishima findet Noriko nicht mehr, hält sie für tot und bricht verzweifelt zusammen. Godzilla kehrt ins Meer zurück.
Anlässlich der Trauerzeremonie für Noriko tritt Professor Noda an Shikishima heran und erzählt ihm von einem Plan, Godzilla zu vernichten. Noda lässt ehemalige Marinesoldaten und Bootsmänner zu einem Treffen zusammenkommen, wo er zusammen mit dem Marineoffizier Tatsuo Hotta seinen Plan erklärt. Godzilla soll mithilfe von Freon-Gastanks an den tiefsten Punkt in der Sagami-Bucht hinuntergezogen werden, damit der Wasserdruck in dem 1.500 m tiefen Meeresgraben ihn zermalmt. Dazu sollen zwei Zerstörer den Saurier mit einem Seil um die Hüfte versehen, an dem die Tanks hängen. Sollte Godzilla dies überstehen, soll er mithilfe von Ballons schnell wieder an die Oberfläche gezogen werden. Die Dekompression in kurzer Zeit soll Godzilla zerstören.
Shikishima will auf Nummer sicher gehen. Er benötigt dazu ein Jagdflugzeug. Noda organisiert ihm einen Prototyp der Kyūshū J7W Shinden, die allerdings noch nicht ganz fertiggestellt ist. Shikishima besteht auf Tachibana als Mechaniker, der jedoch spurlos verschwunden ist. Um ihn zu ihm zu locken, verfasst Shikishima einige Briefe, in denen er den Tod der Mechaniker auf Odo Tachibana in die Schuhe schiebt. Der Plan geht auf, Tachibana findet Shikishima und schlägt ihn zusammen. Nach einer kurzen Unterredung erkennt er aber, dass Shikishima bereit ist, mit einem Kamikazeangriff dem Saurier den Rest zu geben. So nimmt er seine Bitte an. Diesen Plan hält Shikishima geheim.
Einige Tage später wird anhand von Geigerzählern, die im Japanischen Meer an Bojen befestigt wurden, Godzillas Route erkannt. Sie führt direkt nach Tokyo. Die Zeit wird knapp. In einem letzten Brief vertraut Shikishima die kleine Akiko der Nachbarin Sumiko an und hinterlässt ihr eine grosse Summe Geld. Er fährt zum Hangar, wo er von Tachibana eingewiesen wird. Der Mechaniker hat in die Nase des Flugzeugs eine Fliegerbombe eingebaut. Kurz darauf erscheint Godzilla früher als erwartet in der Sagami-Bucht und geht an Land. Trotzdem beschliessen Noda und Hotta auszulaufen und sich bereitzuhalten. Shikishima startet sogleich in seiner Shinden. Er beschiesst Godzilla und lockt ihn zurück in die Sagami-Bucht. Als erstes wird ein unbemannter Kreuzer auf Godzilla losgelassen, damit er seinen Hitzestrahl einsetzt, da er einige Zeit benötigt, um diesen wieder aufzuladen. Er zerstört das Schiff und Hatto lässt das Manöver starten, um Godzilla das Seil mit den Gastanks umzulegen.
Als das Manöver abgeschlossen ist, werden die Tanks gezündet, die Gasblasen umhüllen Godzilla und nehmen ihm den Auftrieb. Er wird auf 1.500 m Wassertiefe gezogen und schwer verletzt, überlebt die Kompression aber. Daraufhin werden die Ballons aufgeblasen und schieben ihn wieder hoch. Bei ca. 800 m jedoch kann er die Befestigung der Ballons durchbeissen und bleibt am Seil hängen. Die beiden Zerstörer, an denen das Seil noch hängt, sollen den Saurier nun weiter hochziehen, sind aber dafür zu schwach. Plötzlich erscheint eine Flotte von kleinen Schleppern, die Mizushima (Knirps), der wegen einer Verletzung zurückgelassen wurde, organisiert hat. Mit deren Hilfe ziehen die Zerstörer den Saurier nun an die Oberfläche. Dort versucht er schwer verletzt einen letzten Hitzestrahl zu speien. Dies ist für Shikishima die Chance zum Angriff mit der Shinden. Er steuert das Flugzeug in Godzillas Maul, wo es explodiert und seinen Kopf bis auf den Unterkiefer wegsprengt. Alle Augenzeugen sind sich sicher, dass Shikishima nun doch noch seine Aufgabe als Kamikazepilot erfüllt hat. Er hat jedoch dank eines deutschen Schleudersitzes überlebt (im Film erkenntlich an der deutschen Aufschrift). Godzilla zerfällt und versinkt auf den Boden der Bucht.
Bei der Rückkehr wird Shikishima als Held gefeiert. Sumiko, die ihn mit Akiko unter Tränen der Empörung und der Erleichterung empfängt, übergibt ihm ein Telegramm. Daraus geht hervor, dass Noriko Godzillas Angriff auf Tokio doch überlebt hat. Mit Akiko eilt er ins Krankenhaus, wo er die schwer verletzte und von der Strahlenkrankheit gezeichnete Noriko wiedersieht. Er kann nun endlich auch innerlich mit dem Krieg und den Vorfällen auf Odo abschliessen.
In der Zwischenzeit beginnt auf dem Boden der Sagami-Bucht Godzillas Regeneration.
