Plot
Der junge Kubo, dem ein Auge fehlt, führt ein recht bescheidenes Leben. Er kümmert sich um seine kranke Mutter Sariatsu, eine Tochter des Mondkönigs, und betätigt sich als Geschichtenerzähler. Mit einer Shamisen kann er aus Papierstücken Origami-Figuren erschaffen und zum Leben erwecken. Dadurch wirken seine Geschichten über seinen Vater, den Samurai Hanzo, sehr lebendig. Er hat viele begeisterte Zuhörer, darunter die Dorfbewohner Hosato, Hashi und Kameyo. Bei Anbruch der Dunkelheit muss Kubo jedoch stets nach Hause zurückkehren, um sich vor seinem Grossvater, dem bösen Mondkönig, und den zwei Schwestern seiner Mutter in Acht zu nehmen. Diese haben ihm das eine Auge gestohlen, als er noch ein Baby war.
Der Grundton des Films ist humorvoll. Es werden des öfteren kindgerechte Witze gemacht. Ein wichtiges Thema des Films ist aber das Problem des Todes, welches anlässlich des Totenfestes Obon aufgenommen wird. An diesem Feiertag versucht Kubo mit seinem verstorbenen Vater Kontakt aufzunehmen. Er verspätet sich und es wird schon dunkel. Daher finden ihn die beiden bösen Töchter des Mondkönigs, die ihm sein zweites Auge stehlen wollen. Ab jetzt wird er gejagt und seine einzige Hoffnung ist, eine magische Rüstung zu finden, die ihn schützen könnte. Er wird begleitet von der Schneeäffin Monkey. Ausserdem haben sie die Unterstützung eines kleinen Origamikriegers. Auf der Suche nach der Rüstung treffen sie auf den Käfermenschen Beetle, der angibt, früher im Gefolge von Hanzo gewesen zu sein. Nun lastet ein Fluch auf ihm und er leidet unter Gedächtnisverlust. Beetle schliesst sich den Gefährten an. Gemeinsam finden sie zunächst in einer Höhle das Schwert „Unzerbrechlich“. Doch Kubos Tanten wollen verhindern, dass sie auch die restlichen zwei Teile der Rüstung finden. Auf dem Meeresgrund entdeckt Kubo den gesuchten Brustpanzer „Undurchdringlich“. Aber er wird von magischen Augen in Trance versetzt. Beetle rettet ihn, während Monkey den Angriff von einer der Tanten abwehrt.
In einem Traum erkennt Kubo den Ort, an dem er das letzte Stück der Rüstung finden kann: Hanzos alte Festung. Dies stellt sich jedoch als Falle heraus. Dort werden die Gefährten von der zweiten Tante angegriffen. Diese offenbart, dass Beetle in Wirklichkeit Hanzo, also Kubos Vater, ist, und tötet diesen sogleich. Kubo nutzt die Magie seiner Shamisen und überwältigt seine böse Tante. Anschliessend fliegt er zurück in sein Heimatdorf und findet dort den noch fehlenden Helm „Unverwundbar“. In der nun vollständigen magischen Rüstung fordert er den Mondkönig heraus und besiegt ihn.
Das weitere Schicksal des Mondkönigs überrascht sehr und könnte von einem Aikidoka erdacht worden sein.
An einem neuen Obon-Feiertag nimmt Kubo Kontakt zu seinen verstorbenen Eltern auf, deren Geister tatsächlich neben ihm erscheinen.
Der Originaltitel "Kubo und die zwei Saiten" bezieht sich auf ein Haar seiner Mutter und eine Bogensehne seines Vaters, zwei mächtige Artefakte der Erinnerung, die Kubo im Verlauf des Films erhält.
