Plot
Nel 1945, verso la fine della seconda guerra mondiale, il pilota kamikaze Kōichi Shikishima atterra con il suo aeroplano per le riparazioni alla base giapponese sull'isola di Odo. Il capo meccanico Sōsaku Tachibana deduce che Shikishima sta fingendo problemi tecnici per sottrarsi al suo dovere. Quella notte, Godzilla, una grande creatura simile a un dinosauro, attacca la base. Tachibana ordina a Shikishima di sparare al mostro dal suo aereo, ma lui va nel panico, non riesce a sparare e perde i sensi. Quando si sveglia il giorno dopo, scopre che Tachibana è l'unico altro sopravvissuto, che è furioso con lui per non essere intervenuto.
Shikishima torna a casa e scopre che i suoi genitori sono stati uccisi nel bombardamento di Tokyo. Afflitto dal senso di colpa del sopravvissuto, inizia a sostenere una giovane donna, Noriko Ōishi, i cui genitori sono morti anche loro nel bombardamento, e una bambina orfana, Akiko, che Noriko ha salvato. Trova impiego a bordo di un dragamine incaricato di sminamento delle mine navali. Nel frattempo, Godzilla è mutato e potenziato dai test nucleari degli Stati Uniti a Bikini Atoll. Distrugge diverse navi americane e parte per il Giappone. A causa delle tensioni con l'Unione Sovietica, gli Stati Uniti non offrono alcun aiuto, fatta eccezione per alcune navi della Marina imperiale giapponese dismesse approvate dal generale Douglas MacArthur. Il governo giapponese, preoccupato di indurre il panico, non informa il popolo del pericolo.
Nel maggio 1947, Shikishima e il suo equipaggio del dragamine viaggiano verso le isole Ogasawara e hanno il compito di bloccare l'avvicinamento di Godzilla al Giappone. Rilasciano una mina nella bocca di Godzilla e la fanno esplodere, causando danni significativi, ma il mostro si rigenera rapidamente. L'incrociatore pesante Takao quindi affronta Godzilla, ma viene distrutto quando il mostro scatena il suo raggio di calore. Dopo essere tornato a Tokyo, Shikishima si apre con Noriko sui suoi incontri con Godzilla. Giorni dopo, Godzilla sbarca in Giappone e attacca Ginza, dove lavora Noriko. Lei sopravvive per un pelo all'attacco iniziale e si riunisce fortunatamente a Shikishima. Infuriato per il fuoco dei carri armati, Godzilla annienta gran parte del distretto con il suo raggio di calore, uccidendo decine di migliaia di persone. Noriko spinge Shikishima in salvo, ma viene coinvolta nell'esplosione e presunta morta. Devastato dalla perdita, Shikishima giura vendetta.
L'ex professore di ingegneria navale Kenji Noda, uno dell'equipaggio del dragamine, si sente frustrato dall'inazione del governo. Escogita un piano per distruggere Godzilla attirandolo nella baia di Sagami prima di circondarlo con serbatoi di Freon e romperli, affondando il mostro e lasciando che la pressione dell'acqua risultante lo schiacci. Se il piano fallisce, dei palloncini verranno gonfiati sotto Godzilla per costringerlo a risalire, uccidendolo tramite decompressione brusca. Per attuare il suo piano, Noda ha reclutato veterani della marina. Shikishima recluta Tachibana per riparare un caccia Kyushu J7W Shinden. Ha in programma di uccidere Godzilla in un attacco suicida volandogli in bocca e facendo detonare le cariche esplosive a bordo. Lascia Akiko alle cure della sua vicina Sumiko prima che Godzilla riaffiori.
Mentre Shikishima attira Godzilla nella trappola tesa da due cacciatorpediniere, Sumiko riceve un telegramma destinato a Shikishima. Godzilla sopravvive alla caduta iniziale e poi si libera prima di essere costretto a risalire, riportando gravi ferite dal conseguente barotrauma indotto dalla decompressione. Con l'aiuto di una flotta di rimorchiatori organizzata da Mizushima, un altro membro dell'equipaggio del dragamine, le navi trascinano Godzilla in superficie. Infuriato, Godzilla si prepara a distruggere tutte le navi con il suo raggio di calore, ma Shikishima schianta l'aereo nella bocca di Godzilla e gli distrugge la testa. L'equipaggio festeggia Shikishima che si è eietto prima dell'esplosione e si lancia con il paracadute in salvo, usando un seggiolino eiettabile che Tachibana ha installato nello Shinden, implorandolo di lasciar andare il suo senso di colpa e continuare a vivere.
Al ritorno a casa, Sumiko consegna a Shikishima il telegramma, che lo conduce in un ospedale dove si riunisce a Noriko, sopravvissuta alla distruzione.
Nel frattempo, un pezzo di carne di Godzilla inizia a rigenerarsi mentre affonda nell'oceano.
